สำนักงานประกันคุณภาพเป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบประสานงานด้านประกันคุณภาพ ของมหาวิทยาลัย มีอธิการบดีเป็นผู้บริหารสูงสุด มีคณะกรรมการอำนวยการประกันคุณภาพ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ กำหนดนโยบายสนับสนุน และกำกับดูแลการประกันคุณภาพทั่วทั้งมหาวิทยาลัย คณะกรรมการพัฒนาระบบประกันคุณภาพมีหน้าที่พัฒนาระบบและกลไกการประกันคุณภาพ และประสานงานการสร้างระบบการประกันคุณภาพโดยมีสำนักงานประกันคุณภาพ คณะกรรมการรวบรวมข้อมูลกลางระดับมหาวิทยาลัยมีหน้าที่รวบรวมข้อมูลตาม common data set จัดทำแผนการรวบรวมข้อมูลของแต่ละองค์ประกอบ/ตัวบ่งชี้ คณะกรรมการดำเนินงานประกันคุณภาพมีหน้าที่กำหนดนโยบาย พัฒนาระบบและกลไกการประกันคุณภาพภายใน เพื่อประเมินคุณภาพการศึกษาให้มี ประสิทธิภาพ ให้ข้อมูลเอกสาร หลักฐานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยเพื่อการตรวจสอบและประเมินคุณภาพภายนอก คณะกรรมการจัดทำ SAR ระดับมหาวิทยาลัยมีหน้าที่ประเมินระดับสาขาวิชาระดับมหาวิทยาลัย และจัดทำ SAR คณะกรรมการประเมินคุณภาพภายในมีหน้าที่ประเมินคุณภาพภายในของหน่วยงาน ให้ข้อเสนอแนะเพื่อปรับปรุงและพัฒนา และรายงานผลการประเมินต่อหน่วยงาน คณะกรรมการพัฒนากลุ่มสาขามีหน้าที่พิจารณาข้อมูลการประเมินตนเองจากหน่วยงาน ในกลุ่มสาขาวิชา จัดทำรายงานประเมินตนเองเพื่อการประเมินภายนอกของ สมศ. พิจาณากำหนดน้ำหนักตัวบ่งชี้ของกลุ่มสาขาวิชา ให้ข้อมูลเพิ่มเติมกับ สมศ. และมีผู้ช่วยอธิการบดีฝ่ายประกันคุณภาพเป็นผู้อำนวยการสำนักฯ รับผิดชอบการดำเนินงานประกันคุณภาพตามนโยบายของมหาวิทยาลัย
  ส่วนการดำเนินงานในสำนักงานประกันคุณภาพ ผู้อำนวยการสำนักงานประกันคุณภาพเป็นผู้รับผิดชอบบริหารงาน โดยแบ่งการทำงานตามวัตถุประสงค์ และภารกิจของสำนักฯ